Chociaż rażących uchybień, skutkujących efektami finansowymi, Najwyższa Izba Kontroli nie stwierdziła, to dopatrzyła się wielu niedociągnięć w działaniach Akademii Medycznej w Lublinie.
w sprawie udostępnienia przez szpitale pomieszczeń na prowadzenie zajęć dydaktycznych nie określono
w jednoznaczny sposób odpłatności, podając tylko orientacyjne kwoty. Dając dotacje na remonty w szpitalach, rektor AM nie żądał dokumentów do rozliczenia. Stwierdzono też, że w SPSK nr 4 na koniec 2000 r. zatrudnionych było jedynie 241 nauczycieli akademickich na 268 skierowanych tam przez AM. Naruszało to postanowienia ustawy o szkolnictwie wyższym. NIK ustaliła też, że AM nie wypełniała wszystkich obowiązków związanych z nadzorem, który miała nad szpitalami. Nie dokonywała kontroli i oceny realizacji zadań statutowych, dostępności i poziomu udzielanych świadczeń, prawidłowości gospodarowania mieniem oraz gospodarki finansami.